Gus Dur tidak segan menunjukan kedekatannya dengan Israel, oleh karena tindakan tersebut membuat Gus Dur dijegal oleh beberapa masyarakat, hubungan Gus Dur Israel dikatakan mengundang kontroversi dan ia juga bakal dianggap sebagai antek Yahudi. 

Keterlibatan Gus Dur dengan paham Yahudi menyebabkan ia bereaksi kritis tentang pemahaman Yahudi, selama 30 tahun Gus Dur telah menentang paham anti-semit dan pengetahuan awam tentang Israel dan Yudaisme. 

Maka tak heran jika Gus Dur mendapatkan kritikan sebagai pro zionis dari Amien Rais yang waktu itu pemimpin Muhammadiyah, Gus Dur mendapatkan kritikan dari Menteri Luar Negeri.

3. Pimpin Pertemuan Holocaust 

Keakraban dan kedekatan Gus Dur dengan bangsa Yahudi semakin dekat dan kental pada saat ia memimpin pertemuan Holocaust di Bali. 

Konferensi di buat untuk meluruskan fakta Holocaust atau pembantaian kaum Yahudi selama perang dunia kedua, hal yang menarik dari Konferensi ini adalah tertutup dan dipimpin langsung oleh Gus Dur.