1. Terpihat Yahudi 

Sejarah awal mencatat kedekatan Gus Dur dengan Israel atau bangsa Yahudi, bukan saat dia ketika menjabat sebagai Presiden tetapi jauh sebelum itu, semasa ia melanjutkan pendidikannya di luar negeri, ia telah dibuat terikat oleh seorang Yahudi, ketika berkuliah di Bagdad, Irak. 

Gus Dur mempunyai teman di kalangan Yahudi bernama Ranim, kawannya ini merupakan seorang jurnalis yang mencari penghasilan tambahan dengan bekerja di toko pakaian sebagai penerjemah, keduanya diketahui bekerja di toko itu dan hal tersebut membuat mereka berteman.

2. Ingin Bka Hubungan Diplomatik dengan Israel 

Gus Dur diketahui ingin membuka pintu selebar-lebarnya untuk diplomasi dengan Israel, Alasan dengan usulan ini karena ia menganggap Indonesia memiliki modal sebagai negara Muslim terbesar dan berpotensi akan memiliki suara yang bisa di dengar. 

Hal tersebut diungkapkan langsung oleh Ansyaad Mbai mantan Badan Nasional Penanggulangan Terorisme, ia menjelaskan masyarakat di era pemerintahan Gus Dur yang pada saat itu banyak terpengaruh oleh paham radikal hal itu menghalau keinginan Gus Dur.