Setelah sebelumnya dipenjara di Semarang, Rio dipindahkan di Lapas Nusakambangan. Lapas itu terkenal sebagai tempat di mana para napi yang mendapatkan hukuman berat, salah satunya hukuman mati. Meski tak bisa menggantikan nyawa yang hilang, tapi Rio akhirnya mendapat balasan atas nyawa yang ia renggut. Pada tahun 2001, hakim memutuskan hukuman mati kepada Rio.

Hukuman mati tentu tak dilakukan langsung setelah dijatuhkan. Ada beberapa tahun yang dimanfaatkannya untuk bertaubat. Selain salat wajib, tak pernah lepas salat malam dan membaca Al-Qur’an dia lakukan. Bukan hanya satu, Rio memiliki beberapa Al-Qur’an sekaligus, juga beberapa buku keagamaan lainnya. Meski telah bertaubat, tak membuatnya bisa mudah meredam amarah. Terbukti pada tahun 2005, seorang teman satu selnya yang juga kerap mengajarinya dalam hal keagamaan, meninggal di tangannya. Ialah Iwan Zulkarnain pidana korupsi PT. Pos Indonesia yang menjadi guru ngaji Rio. Ia ditemukan tewas mengenaskan bersimbah darah dari kepalanya yang hancur di kamar mandi sel.

Mengaku membunuh Iwan, Rio mengatakan bahwa aksinya tersebut lantaran ia tersinggung dengan kata-kata yang dilontarkan Iwan. Saat itu, pembunuhan tak dapat dicegah karena para petugas lapas tak mendengar ada keributan di dalam sel akibat hujan yang begitu deras.

Hari eksekusi pun tiba