Terkait biaya, Bank Indonesia membebankan transaksi regular baik on us maupun off us sebesar 0,7% kepada pedagang. Transaksi berkaitan dengan pendidikan besaran merchant discount rate (MDR) 0,6% dan SPBU 0,4%. Bank Indonesia membebaskan MDR untuk transaksi masyarakat dengan pemerintah, seperti dalam rangka bantuan sosial. Adapun manfaat bagi pedagang dengan memanfaatkan QRIS untuk usaha mereka, adalah mengikuti tren pembayaran secara nontunai sehingga memunculkan potensi perluasan penjualan karena ada alternatif pembayaran selain tunai.

Penggunaan QRIS juga bisa menurunkan biaya pengelolaan uang tunai lantaran tidak membutuhkan uang kembalian sekaligus menurunkan risiko hilangnya uang tunai dan risiko uang palsu. Manfaat lainnya dengan QRIS transaksi yang terjadi langsung tercatat otomatis dan dapat dilihat setiap saat. Ini sekaligus menjadi instrument dalam membangun profil kredit bagi bank sehingga memperbesar peluang untuk mendapatkan modal kerja dari bank.

Hingga 16 Desember 2019 sudah terdapat 23 PJSP yang memiliki persetujuan QRIS serta sudah terdapat 1,2 juta pedagang yang menggunakan QRIS. QRIS sendiri merupakan salah satu implementasi dari visi Sistem Pembayaran Indonesia (SPI) 2025 yang telah dicanangkan sejak Mei 2019.