Selanjutnya pada 9 Januari 2020, pimpinan KPK menerbitkan Surat Perintah Penyidikan Nomor: Sprin.Dik/07/Dik.00/01/2020 guna melakukan penyidikan dugaan tindak pidana korupsi memberi hadiah atau janji kepada pegawai negeri atau penyelenggara negara yaitu Wahyu Setiawan selaku Komisioner KPU RI periode 2017-2022 bersama-sama dengan Agustiani Tio Fridelina terkait penetapan anggota DPR terpilih 2019-2024 yang dilakukan oleh tersangka Harun Masiku bersama-sama dengan Saeful Bahri.

Atas Sprindik tersebut, pimpinan KPK menerbitkan Surat Perintah Penangkapan Nomor: Sprin.Kap/01/Dik.01.02/01/01/2020 tanggal 15 Januari 2020 dan untuk melaksanakan penangkapan terhadap tersangka Harun Masiku.

Namun, penangkapan tidak berhasil sehingga pimpinan KPK menyurati Polri untuk melakukan pencarian Daftar Pencarian Orang (DPO) atas nama Harun Masiku.

Selain itu, Hasto juga disebut memerintahkan orang kepercayaannya Kusnadi untuk menenggelamkan handphone miliknya. Perintah itu disampaikan saat Kusnadi hendak diperiksa sebagai saksi oleh penyidik KPK, Juni 2024.

"Atas pemanggilan tersebut, pada tanggal 6 Juni 2024, terdakwa memerintahkan Kusnadi untuk menenggelamkan telepon genggamnya sebagai antisipasi upaya paksa oleh penyidik KPK. Menindaklanjuti perintah terdakwa, Kusnadi pun melaksanakannya," ungkap jaksa.

Selanjutnya pada 10 Juni 2024, Hasto bersama Kusnadi menghadiri panggilan pemeriksaan sebagai saksi di KPK. Sebelum Hasto diperiksa, ia menitipkan handphone-nya kepada Kusnadi. Kepada penyidik, Hasto mengaku tidak memiliki handphone.