Pada 1992, demo anti-pemerintah di Ibu Kota Dushanbe berubah menjadi perang sipil antara pasukan pemerintah, kelompok Islam, dan kelompok pro-demokrasi. Perang sipil ini menewaskan 20 ribu orang dan membuat ekonomi Tajikistan yang baru merdeka makin terpuruk.

Dikutip Radio Free Europe, kondisi ini memaksa Nabiyev mundur pada September 1992. Saat itu, jabatan presiden ditiadakan sehingga ketua parlemen Tajikistan yang saat itu diduduki Rahmon otomatis menjadi kepala negara de facto.

Meski begitu, Rahmon mulai menancapkan tangan besinya dengan memberangus semua partai politik oposisi dan menyisakan Partai Komunis Tajikistan sebagai satu-satunya partai politik sah di negara itu.

Rahmon baru menjabat sebagai presiden pada 1994 usai menang "pemilu semu". Di tahun itu pula, Rahmon berhasil mencapai perjanjian gencatan senjata dengan pemberontak Islam.

Pada 1997, rezim Rahmon dan kelompok pemberontak United Tajik Opposition (UTO) menyepakati perjanjian damai. Meski mengampuni para oposisi, Rahmon mengontrol ketat gerakan oposisi dan pemberontak.