Hendropriyono menilai Habibie tidak mungkin sembarang meresmikan ponpes. Ia mengaku heran lantaran Ponpes Al Zaytun begitu dipermasalahkan di masa sekarang.

Kendati demikian, ia menyatakan tak pernah lagi menyambangi Ponpes Al Zaytun usai meletakkan batu pertama di pesantren tersebut. Hendropriyono mengimbau masyarakat untuk berhati-hati dalam menyikapi polemik Al Zaytun.

"Saya heran kok ributnya sekarang? Jadi ribut ada apa? Saya enggak ngerti lagi karena saya ke sana enggak pernah lagi, nggak pernah tau lagi," kata dia.

"Jangan mereka membuat keributan sekarang me-refer 'pintar', masak pakai referensi masa lalu dari pada sekarang. Dulu ya dulu, masa lalu ya udah lewat. Masa sekarang ya masa ke depan, orang-orang sudah pakai artificial intelligence masak masih pakai masa lalu. Masa lalu, ya masa lalu," imbuhnya.