Mendengar hal itu, Habibie pun datang ke Al Zaytun untuk meresmikan pesantren tersebut. Hendropriyono mengaku tidak pernah mengetahui bagaimana kelanjutan Al Zaytun setelah diresmikan.

Hingga kemudian, pada masa pemerintahan Presiden kelima Megawati Soekarnoputri, Hendropriyono yang saat itu menjabat sebagai Kepala BIN diminta untuk menggantikan Ketua Umum PDIP itu menghadiri peletakan batu pertama untuk gedung pembelajaran di Ponpes Al Zaytun.

Hendropriyono mengatakan pada momen itu dirinya berkenalan dengan Panji Gumilang selaku pemimpin Ponpes Al Zaytun.

"Saya pun pergi ke sana lewat darat, untuk meletakkan batu pertama gedung pembelajaran yang namanya gedung Doktor Ir Soekarno, saat itu pertama kali saya kenalan dengan Panji Gumilang," ucap Hendropriyono.

Hendropriyono melihat Al Zaytun saat itu merupakan pondok pesantren yang cukup modern. Menurutnya, secara ideologi politik, tidak ada masalah dengan Al Zaytun.

"Secara politik saya kira tidak ada masalah waktu itu, karena Presiden RI yang meresmikan, artinya kalau dalam perkembangannya itu berbeda, tentu saja pengetahuan saya ini pengetahuan zaman saya, tahun 1999 pertama kali saya dengar nama Al Zaytun. Dan 2001 apa 2002 saya lupa itu kedua kalinya saya tau Al Zaytun," jelasnya.