Tahap awal pembangunan Masjid Agung Sunda Kelapa dimulai dengan membuat desain masjid. Arsitek yang ditunjuk untuk mendesain Masjid Agung Sunda Kelapa yaitu Gustaf Abbas. 

Pamor Gustaf Abbas pada saat itu sedang banyak dibicarakan karena kiprahnya mendesain Masjid Salman Institut Teknologi Bandung (ITB). 

"Gustaf Abbas (dalam mendesain masjid) mengambil sejarah Jakarta sebagai kota pelabuhan. Gustaf merancang bentuk atap masjid seperti kapal dan pelabuhan," kata Reno. 

Lebih lanjut Reno mengatakan bahwa arsitektur Masjid Agung Sunda Kelapa memiliki dua bagian layaknya kapal.

Bagian pertama disebut sebagai Serambi Jakarta (seperti dermaga), dan bagian kedua disebut sebagai lambung kapal (ruang ibadah). 

"Jadi, ruang utama ibadah itu seperti lambung kapal. Diibaratkan seperi orang yang naik ke kapal Nabi Nuh, yaitu orang yang taat kapada Tuhan dan selamat," ujar Reno.