Maka dimulailah pembangunan gedung istana ini di bawah pengawasan arsitek Mr. Drossares. Pembangunan dilaksanakan oleh Departemen Pekerjaan Umum dengan pemborong "Firma Prossacra" yang menelan biaya sebesar f 360.000,-.

Selesai tahun 1879 masa Pemerintahan Gubernur Jenderal Johan Willem van Landsberge dan sebagai tempat perayaan pernikahan Raja Willem II dengan Puteri Emma Von Waldeck Pyrmont. Sejak itulah istana di Koningsplein ini menjadi tempat kediaman resmi gubernur jenderal di samping kediaman resmi lainnya di Buitenzorg (Bogor).

Sebelumnya Istana ini memiliki berbagai nama, selain “Istana Merdeka”, antara lain: Istana Koningsplein, Istana Gambir, Istana Gubernur Jenderal Hindia Belanda, Istana Wakil Tinggi Mahkota Belanda, Istana Van Mook, Istana Saiko Syikikan, dan terakhir Istana Merdeka. 

Sebelum bernama Istana Merdeka, gedung ini bernama Istana Gambir atau Koningsplein Paleis dipakai sebagai "Istana Wakil Tinggi Mahkamah Belanda". ajukan di Jl. Merdeka Utara.

Setiap tahunnya pada tgl 17 Agustus, halaman depan Istana Merdeka digunakan sebagai tempat upacara peringatan HUT Kemerdekaan Rl dan detik-detik Proklamasi berupa Parade Senja. 

Istana Merdeka juga menggunakan Presiden RI untuk menerima surat-surat kepercayaan para duta besar asing.