Namun pada Maret 2020, bin Nayef kembali harus menelan pil pahit. Para pejabat menggerebek pengasingan dirinya di gurun dekat Riyadh hingga dia kembali ditahan bersama beberapa stafnya.

Dikutip The New York Times, di masa awal penahanannya, Pangeran Mohammed bin Nayef ditahan di sel isolasi, dilarang tidur hingga digantung terbalik di pergelangan kakinya, menurut dua orang yang diberi pengarahan tentang situasinya yang berbicara dengan syarat anonim karena sensitivitas masalah tersebut.

Pangeran Mohammed bin Nayef disebut mengalami kerusakan permanen pada pergelangan kakinya akibat perlakuan yang ia terima selama di tahanan dan tidak bisa berjalan tanpa tongkat.

Pada Agustus 2020, kuasa hukum Pangeran Mohammed bin Nayef melayangkan kekhawatiran terkait kondisi kesehatan kliennya. Ia menuduh otoritas Saudi tidak mengizinkan dokter atau keluarga mengunjunginya sejak menjadi tahanan.

Sementara itu, di musim gugur 2021, Pangeran Mohammed bin Nayef dilaporkan dipindahkan ke sebuah vila di dalam kompleks yang mengelilingi Istana Raja Al-Yamamah di Riyadh.

Pangeran Mohammed bin Nayef dikurung sendiri tanpa televisi atau perangkat elektronik lainnya dan hanya menerima kunjungan terbatas dari keluarganya, kata sejumlah sumber.