Namun Semmelweis tak bisa meyakinkan rekan-rekannya bahwa peristiwa demam nifas terkait dengan kontaminasi yang disebabkan kontak dengan mayat. Mereka yang bersedia mengetes metode ini kadang melakukannya dengan sembrono sehingga hasilnya mengecewakan.

Antiseptik baru diperkenalkan di klinik kandungan pada 1880-an. Sesudah yang diterbitkannya dapat tanggapan buruk, Semmelweis memukul balik para pengkritiknya dan melabeli dokter yang tak cuci tangan sebagai "pembunuh".

Kontraknya di Wina tak diperpanjang, lalu Semmelweis kembali ke negerinya, Hungaria, dan bekerja untuk jabatan kehormatan tanpa gaji di klinik melahirkan di rumah sakit kecil Szent Rkus di Budapest. Sebelumnya di rumah sakit itu juga di klinik kelahiran di University of Pest, tempatnya mengajar - demam nifas merajalela, tetapi sejak ia menjabat ia berhasil memberantas demam itu. Namun kritik terhadap teorinya tak juga mereda, dan Semmelweis semakin marah terhadap keengganan rekan-rekannya untuk mengadopsi metodenya.

Sesudah kematiannya barulah Ignaz Semmelweis mendapatkan pengakuan. Tahun 1861, perilaku Semmelweis menjadi kacau dan ia dimasukkan ke rumah sakit jiwa. Temannya menipunya dengan bilang bahwa ia ke sana untuk mengunjungi fasilitas kesehatan baru.