Kemudian bagi mereka yang telah lulus akan menjadi ulama, kiyai, ustadz, guru agama, dan juga menduduki jabatan-jabatan penting keagamaan.

Memasuki abad ke-19 M muncul ide-ide pembaharuan pemikiran Islam ke seluruh dunia, dimulai dari gerakan pembaharuan di Mesir, Turki, Saudi Arabia dan juga Indonesia.

Inti dari gerakan pembaharuan adalah berupaya untuk mengadopsi pemikiran pendidikan modern yang berkembang di dunia Timur Tengah dikembangkan di Indonesia, berupa madrasah.

Dengan kehadiran lembaga-lembaga pendidikan Barat dalam bentuk sekolah sekuler yang dikembangkan oleh penjajah munculkan gerakan pembaharuan akhir abad ke-19.

Awalnya madrasah hanya mengkhususkan kepada pengajaran ilmu-ilmu keagamaan dan hampir tidak mengajarkan sama sekali mata pelajaran umum.

Barulah pada awal abad ke-20 pendidikan ini mulai mengadopsi mata pelajaran non-keagamaan.