Operator tersebut dilaporkan menyampaikan pesan ke perintah, yang tidak terdaftar karena alasan yang tidak ditentukan dalam laporan CAO. Ini terjadi ketika operator menembakkan rudal pertama, yang menurut laporan CAO meledak di dekat pesawat, menimbulkan kerusakan berat, melepaskan pecahan peluru, dan menyebabkan kebakaran di sekitar area kokpit di sebelah kiri pesawat.

Rudal pertama juga dikatakan merusak dua perekam penerbangan pesawat, itulah sebabnya mengapa memecahkan kode mereka setelah kecelakaan itu memakan waktu berbulan-bulan dan kerja sama Ukraina dan laboratorium ahli di Prancis, kata laporan itu.

Karena pesawat masih mengudara dan terbang, operator menembakkan rudal lagi sekitar 40 detik kemudian. Organisasi Penerbangan Sipil mengatakan bukti menunjukkan rudal kedua mungkin meledak sekitar 900 meter (300 kaki) dari pesawat dan mungkin tidak menimbulkan kerusakan.

Ketiga awak yang menerbangkan pesawat itu masih sadar setelah serangan rudal pertama dan berusaha mengendalikan situasi, katanya, tetapi kerusakan parah akhirnya menyebabkan pesawat itu jatuh.

Salah satu pertanyaan utama yang tidak terjawab sejak jatuhnya jet komersial adalah mengapa pesawat itu diizinkan terbang pada malam hari, ketika Iran memperkirakan potensi serangan balasan oleh pasukan AS setelah serangan misilnya di Irak. Menurut laporan CAO, angkatan bersenjata Iran telah mengantisipasi bahaya dan menyusun strategi.

Mereka dilaporkan menghentikan semua penerbangan ke negara tetangga Irak, tempat serangan roket dilakukan dan membatalkan semua penerbangan yang dijadwalkan untuk terbang di atas bagian barat negara yang dekat dengan Irak. Penerbangan lepas landas dari bandara non-komersial juga telah diidentifikasi berisiko. Namun, "risiko menjadi sasaran karena salah identifikasi untuk pesawat komersial lepas landas dari bandara komersial dianggap lebih rendah" dan risiko penerbangan keluar dari bandara Imam Khomeini dievaluasi sebagai "sangat rendah", kata laporan itu.