Polisi mengatakan dana dari kotak-kotak itu telah digunakan untuk membeli senjata dan bahan peledak, serta untuk memberikan pelatihan bagi para operator JI di Suriah. Kelompok tersebut telah tidak menjadi pusat perhatian selama hampir 10 tahun, tetapi diperkirakan memiliki sekitar 6.000 sel aktif, menurut Yuwono polisi.

Beberapa minggu sebelum Zulkarnaen ditangkap, anggota senior Jemaah Islamiyah lainnya, Upik Lawanga, juga ditangkap. Di rumahnya, polisi menemukan bunker bawah tanah yang berisi senjata dan peralatan pembuat bom, memicu kekhawatiran bahwa kelompok itu sedang merencanakan gelombang serangan baru.