Pada Kongres Pemuda II, Supratman bertemu dengan Soegondo Djojopoespito yang memintanya membawakan lagu Indonesia Raya. Namun mengingat banyaknya represifitas pemerintah kolonial terhadap semangat pembebasan -termasuk melalui penciptaan lagu, akhirnya lagu Indonesia Raya dinyanyikan dengan nada biola, tanpa lirik.

Meski begitu, salinan naskah lagu tersebut telah disampaikan di awal acara kepada beberapa remaja yang hadir pada kongres tersebut. Nyanyian biola Indonesia Raya hari itu disambut tepuk tangan meriah dari penonton.

Tidak butuh waktu lama. Lagu Indonesia Raya menyebar ke mana-mana. Laporan nyanyian lagu Indonesia Raya dibawakan oleh surat kabar Sin Po. Mereka menerbitkan pamflet dengan lirik lagu Indonesia Raya yang dijual dengan harga 20 sen per lembar. Supratman menerima royalti 350 gulden untuk penerbitan pamflet.

Beberapa pamflet yang dibagikan untuk memenuhi permintaan masyarakat disita oleh badan intelijen politik Hindia Belanda. Pemerintah kolonial merasa terancam dengan gaung lagu ini. Lagu Indonesia Raya dikhawatirkan akan memicu semangat kemerdekaan dan memicu pemberontakan.

Supratman juga diseret ke dalam interogasi. Pemerintah kolonial mempertanyakan penggunaan frasa "merdeka, merdeka" dalam lagu tersebut. Supratman menjawab, kalimat tersebut merupakan ubahan yang dilakukan oleh pemuda lain. Supratman mengatakan lirik asli Lagu Indonesia Raya untuk bagian itu adalah: moelia, moelia.

Protes menyebar di banyak daerah. Pemerintah Hindia Belanda juga mengubah deklarasi tersebut, dari larangan menjadi pembatasan. Akhirnya lagu Indonesia Raya bisa dinyanyikan dalam ruang tertutup dan tanpa lirik "merdeka, merdeka".