Secara terpisah, sejarawan JJ Rizal juga mengkritik soal ide terowongan Istiqlal-Katedral . Dia menyebut awal mula Masjid Istiqlal dibangun dekat dengan Gereja Katedral tak ada sangkut pautnya dengan upaya toleransi.

Rizal menceritakan, Masjid Istiqlal mulanya didirikan dengan tujuan membawa Tuhan lebih dekat dengan pusat-pusat kekuasaan. Musababnya, di pusat kekuasaan itu dinilai banyak godaan sehingga membuat umat Muslim lupa nilai-nilai kebajikan dan kebaikan yang diajarkan agama Islam.

Karena itulah Masjid Istiqlal dibangun di kawasan Jakarta Pusat. Lokasinya persis bersebelahan dengan Gereja Katedral karena kebetulan. Maksudnya, Rizal menjelaskan, pemerintah memanfaatkan lahan yang tersedia di dekat Istana saat itu dan rupanya dekat dengan Katedral. Gereja Katedral terlebih dulu dibangun.

"Itu lahan yang ada dan bisa dimanfaatkan benteng tanah warisan kolonial di dekat Istana pada 1950-60an," ucap JJ Rizal lagi.***