Kelainan bawaan lain yang bisa menyebabkan perawakan pendek yang dikenal dengan sindrom Turner. Kondisi langka ini menyebabkan keterlambatan pubertas. Berbeda dengan achondroplasia, sindrom Turner tidak diturunkan dalam keluarga.

Kelainan bawaan lainnya yang menyebabkan badan lebih tinggi dari normal adalah sindrom Marfan dan Klinefelter. Sindrom Marfan disebabkan oleh pembesaran jaringan ikat.

Sementara sindrom Klinefelter terjadi saat laki-laki dilahirkan dengan salinan tambahan kromosom X. ***