Konflik internal PKB sempat terjadi antara barisan pendukung Gus Dur dan barisan pendukung Cak Imin kala itu.

Konflik kedua kubu pun berujung pada digelarnya Musyawarah Luar Biasa (MLB) oleh dua kubu. Kubu Gus Dur menggelar MLB di Pesantren Ashriyah Nurul Iman, Bogor pada 30 April-1 Mei 2008. Sementara barisan Cak Imin menggelar MLB di salah satu hotel kawasan Ancol, Jakarta Utara, pada 2-4 Mei 2008.

Baru-baru ini Cak Imin membantah anggapan yang menyebut dirinya berkhianat terhadap Gus Dur di PKB. Cak Imin menilai narasi itu selalu berkembang setiap lima tahun saat pemilu.

"Selalu muncul, setiap pemilu selalu dimunculkan, dibesarkan, tentu musiman lah saya bilang. Tetapi tuduhan saya berkhianat itu sama sekali tidak beralasan," kata Cak Imin dalam tayangan wawancara khusus bersama Mata Najwa, Senin (4/9).

Cak Imin bahkan mengatakan ada narasi yang menyebut dirinya mengkudeta Gus Dur. Alih-alih mengkudeta, ia mengklaim bahwa dirinya adalah korban kudeta saat diberhentikan sebagai Ketua Umum PKB.

"Bahkan ada yang bilang saya kudeta, yang benar adalah justru saya dikudeta, dikudeta oleh orang-orang yang kemudian Gus Dur memberhentikan saya," katanya.