Selain dugaan kuat tindak pidana, disebutkan juga akan memberikan sanksi berupa administratif baik kepada Pondok Pesantren Al Zaytun maupun kepada pihak Yayasan Pendidikan Islam (YPI).

YPI sendiri merupakan lembaga pendidikan yang menaungi ponpes tersebut mulai dari Madrasah Ibtidaiyah (MI) sampai dengan perguruan tinggi. 

Meskipun nantinya akan dikenakan sanksi administratif, Mahfud menyebut hak-hak daripada santri akan diupayakan untuk tetap terpenuhi.

Kemudian muncul dugaan ada 'orang besar' yang membekingi ponpes yang dikenal kontroversi tersebut.

Moeldoko

Kepala Staf Kepresidenan Moeldoko membantah rumor yang menyebut dirinya menjadi beking pondok pesantren (Ponpes) Al Zaytun, Indramayu.