Sayangnya, pada saat itu stupa tidak dapat dipasang kembali karena beberapa batu tidak dapat ditemukan. Pemugaran pertama juga dilakukan di bagian bawah yang bersifat tambal sulam, seperti perbaikan/pemerataan lorong. 

Pemugaran pertama juga melibatkan perbaikan dinding dan langkan tanpa pembongkaran sehingga bagian ini masih terlihat miring. 

Candi Borobudur selanjutnya dipugar untuk kedua kalinya pada 1973-1983 oleh pemerintah Indonesia dibantu dengan UNESCO. 

UNESCO memberikan bantuan karena Indonesia terdaftar sebagai negara anggota PBB, yang secara otomatis menjadi anggota organisasi ini. 

Lewat UNESCO, Indonesia mengimbau kepada dunia internasional untuk ikut menyelamatkan Candi Borobudur. 

Berawal dari situ diperolehlah dana dari Pelita dan dana UNESCO.