Pada akhir 2016, Moeldoko memutuskan bergabung dalam jajaran pengurus Partai Hanura yang saat itu dipimpin oleh Oesman Sapta Odang.

Barulah Karier politik Moeldoko menjadi perbicaraan ketika dia pergi ke Istana Kepresidenan.

Pada Rabu, 17 Januari 2018 dia mendapatkan jabatan baru sebagai Kepala Staf Kepresidenan menggantikan Teten Masduki.