Karier politiknya dengan dukungan LDP terus melesat hingga menjadi Wakil Kepala Sekretaris Kabinet pada Juli 2000. Lima tahun kemudian dia terpilih menjadi Kepala Sekretaris Kabinet.

Setahun berlalu Abe berhasil terpilih menjadi perdana menteri mengalahkan pesaing politiknya, Taro Aso dan Sadakazu Tanigaki.

Tak berapa lama Abe mundur pada 2007 akibat kondisi kesehatan. Dia lalu maju kembali pada 2012 dan menjabat sebagai perdana menteri sampai 2020.