Ada banyak kejanggalan dalam kasus pembunuhan ini. Pollycarpus yang saat itu berstatus sebagai pilot ternyata sedang dalam masa cuti. Namun, Indra Setiawan memberikan surat tugas padanya.

Tiga hari sebelum keberangkatan, Munir diketahui menerima telepon dari seseorang bernama Pollycarpus. Dalam telepon itu Pollycarpus memastikan Munir untuk naik penerbangan GA 974.

Dugaan Keterlibatan BIN

Deputi V BIN saat itu, Muchdi Prawiro Pranjono, sempat menjadi terdakwa dalam kasus pembunuhan munir. Namun putusan Majelis hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan pada 31 Desember 2008 membebaskannya dari segala dakwaan.

Selama sebelum dan sesudah Munir dibunuh diduga terdapat lebih dari 40 kali komunikasi telepon antara Muchdi dan Pollycarpus. Bahkan pada hari Munir dibunuh terdapat 15 kali hubungan telepon Muhdi dangan Pollycarpus.

Sementara itu, Indra mengaku mendapat permintaan dari BIN, namun dirinya membantah telah terlibat dalam konspirasi pembunuhan Munir tersebut.