Lebih lanjut, SE 39 Tahun 2022 ini mengatur juga pelaku perjalanan yang menggunakan KA komuter dalam wilayah atau kawasan aglomerasi. 

Dalam hal ini, penumpang KA komuter tidak diwajibkan untuk menunjukkan keterangan bebas COVID-19 namun diwajibkan untuk menggunakan aplikasi PeduliLindungi. Bagi yang tidak mampu menunjukkan aplikasi PeduliLindungi, diwajibkan untuk menujukkan sertifikat vaksin COVID-19, minimal dosis pertama.

Direktur Jenderal Perkeretaapian Zulfikri menegaskan, penggunaan aplikasi PeduliLindungi tetap diwajibkan bagi seluruh penumpang KA. Ketentuan ini sejalan dengan aturan yang diterbitkan oleh Satgas COVID-19 sebagai upaya pencegahan penyebaran virus. Pemberlakuan SE 39 Tahun 2022 sekaligus mencabut ketentuan sebelumnya.