Hasanuddin menjabat Ketua Komisi Fatwa MUI pada kepemimpinan Ketua Umum MUI Miftachul Akhyar. Dia menjabat pada periode 2020-2025. Hasanuddin mengisi posisi yang pada periode sebelumnya diduduki Asrorun Niam. Niam menjabat Ketua MUI pada periode 2020-2025.

Selain dikenal menjadi ketua Komisi Fatwa MUI, Hasanudin AF adalah seorang Guru Besar pada Fakultas Syariah dan Hukum (FSH) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.

Semasa hidup, Hasanudin dikenal sebagai sosok yang produktif dalam menulis. Salah satu buku dia yang banyak dikutip bertajuk Dinamika Fatwa MUI dalam Satu Dasawarsa.

Sebelum meninggal dunia, Hasanuddin sempat mengumumkan fatwa halal MUI untuk Vaksin Merah Putih. Dia memastikan vaksin buatan Universitas Airlangga itu tidak mengandung babi dan najis.