Setelah keruntuhan Majapahit, istilah Nusantara sempat tenggelam alias tidak digunakan lagi. Hingga 1920-an, istilah ini dimunculkan kembali oleh Ki Hajar Dewantara. Ia menggunakannya dalam rangka sebagai nama alternatif dari negara merdeka setelah Hindia-Belanda selain “Indonesia” dan “Insulinde”.

Ketika “Indonesia” akhirnya ditetapkan sebagai nama politis bangsa yang baru pada Kongres Pemuda II (1928), istilah Nusantara tidak serta-merta ditinggalkan. Pada masa modern, justru digunakan sebagai padanan kata bagi “Indonesia”. Baik digunakan dalam ranah pengertian antropogeografi maupun politik.

Namun, setelah itu juga terjadi pengertian tumpang tindih dengan istilah “Kepulauan Melayu”. Hal ini dilatarbelakangi saat negara Malaysia berdiri pada 1957. Dibalut politik konfrontasi oleh Soekarno, semangat kebersamaan di bawah istilah Nusantara tergantikan dengan semangat permusuhan. Ketika permusuhan berakhir, pengertian istilah Nusantara tetap bermakna semangat kebersamaan antarrumpun.