Selama waktunya dengan Jemaah Islamiyah, yang berafiliasi dengan al-Qaeda, Hambali paling sering digambarkan sebagai "orang uang", menurut Abbas.

Peran utamanya adalah mengumpulkan dan mendistribusikan dana dari banyak donor organisasi, di antaranya mantan pemimpin al-Qaeda, Osama Bin Laden, yang diduga telah mengirim uang untuk Bom Bali langsung ke Hambali.

Namun, dalam penuturan Abbas, Hambali setuju dengan Bin Laden bahwa warga sipil dapat menjadi sasaran serangan teroris, sesuatu yang sangat kontroversial di antara para operator JI lainnya, yang banyak di antaranya hanya menganggap sasaran militer sebagai permainan yang adil.