Penyebab perseteruan berawal dari dirilisnya pernyataan pers mengenai kisruh rumah tangga antara sang pangeran dengan istrinya, Manohara, yang disiarkan pada 15 Juni 2009.

Tengku Fakhry menuduh dua pejabat istana sengaja menyebarkan fitnah tentang rumah tangganya karena bersekutu dengan kakaknya. Ia lantas memasukkan gugatannya pada 10 Agustus 2009.

Namun, kedua pejabat istana tersebut menilai, gugatan Fakhry telah gagal menjelaskan manakah kandungan artikel keterangan pers Istana yang dinilai fitnah.

Selain dengan Manohara, kala itu Tengku Fakhry juga berseteru dengan kakaknya hingga bak 'diusir' dari Kerajaan Kelantan.

Penerus tahta Kerajaan Kelantan, Tengku Muhammad Faris Petra yang tak lain adalah kakak Tengku Fakhry membuat mantan suami Manohara 'terusir' dari kerajaan.

Perseteruan kakak-beradik tersebut mulai terjadi saat Faris Petra dijadikan pemangku Sultan Kelantan sejak ayah mereka masuk rumah sakit. Perselisihan itu lalu coba ditangani oleh Mahkamah Tinggi Kuala Lumpur.