Virus ini lazim di Bangladesh di mana diketahui meletus setiap tahun, serta di beberapa bagian India Timur. Menurut WHO, konsumsi buah-buahan atau produk buah-buahan seperti sari kurma mentah yang bersentuhan dengan urin dan air liur kelelawar yang terinfeksi tampaknya paling mungkin menjadi sumber infeksi. 

Negara lain yang mungkin berisiko termasuk Kamboja, Indonesia, Ghana, Thailand, Filipina, karena keberadaan spesies kelelawar tertentu – kelelawar buah dari keluarga Pteropodidae – yang dapat menyebabkan penyakit ini. 

Dari tahun 2001 hingga 2008, hampir setengah dari semua kasus virus Nipah yang dilaporkan di Bangladesh disebabkan oleh penularan dari manusia ke manusia saat memberikan perawatan kepada pasien.