Theodorakis dipenjara dan dikirim ke pulau-pulau terpencil Yunani, termasuk kamp "pendidikan ulang" yang terkenal di pulau kecil Makronissos dekat Athena. Akibat pemukulan dan penyiksaan yang parah, Theodorakis menderita patah anggota badan, masalah pernapasan, dan cedera lain yang mengganggu kesehatannya selama sisa hidupnya. Dia menderita TBC, dijebloskan ke rumah sakit jiwa, dan menjadi sasaran eksekusi palsu.

Meskipun kesulitan, ia berhasil memantapkan dirinya sebagai musisi yang disegani. Dia lulus dari Sekolah Musik Athena pada tahun 1950 dan melanjutkan studinya di Paris dengan beasiswa pada tahun 1954.

Karier yang produktif sebagai komposer dimulai dengan sungguh-sungguh, saat ia bekerja dalam berbagai genre mulai dari skor film dan musik balet hingga opera, serta musik kamar, tragedi Yunani kuno dan rakyat Yunani, mengatur karya penyair terkemuka ke musik, termasuk Federico Garcia Lorca dari Spanyol dan peraih Nobel Yunani Odysseas Elytis. Serial musik berdasarkan puisi yang ditulis oleh penyintas kamp konsentrasi Nazi Iakovos Kambanellis, The Ballad of Mauthausen, menggambarkan kengerian kehidupan kamp dan Holocaust.