Setelah melakukan serangkain penyelidikan dan meminta keterangan saksi-saksi, polisi mensinyalisasi pembunuhan terkait dengan sejumlah kasus yang ditangani Syafiuddin di MA. Sejumlah nama-nama besar di Indonesia pun masuk dalam bidikan polisi.

Tak sampai satu bulan, penyelidikan kasus kematian Syaifuddin menemui titik terang. Polisi meringkus Mulawarman di Jalan Fatmawati Jakarta Selatan pada 7 Agustus 2001 malam. Selang sehari, Noval Hadad ditangkap di Bidara Cina Jakarta Timur.

Dari kesaksian keduanya, terungkap bahwa dalang dari pembunuhan hakim Syafiuddin adalah anak dari Presiden ke-2 RI Soeharto, Hutomo Mandala Putra atau Tommy Soeharto. Keduanya mengaku diperintah Tommy dengan iming-iming akan diberi imbalan uang sebesar Rp 100 juta.

Tommy Soeharto pun dijatuhi vonis 6 tahun penjara. Sementara dua orang eksekutor yang menembak Syaifuddin dihukum seumur hidup.