Segera, mereka pindah ke pulau Jawa, di mana mereka memiliki seorang putra dan putri. Tapi pernikahan itu mengecewakan. Dia secara terbuka menyimpan selir yang benar-benar bisa diterima di sana.

Istri yang kecewa itu meninggalkan suaminya dan bahkan memulai hubungan dengan perwira Belanda lainnya. Pada saat yang sama, ia mulai belajar lebih banyak tentang tradisi dan tarian Indonesia. Tak lama kemudian, dia bergabung dengan grup tari lokal dan mendapatkan nama panggung - Mata Hari yang dapat diterjemahkan sebagai "eye of the day".

Selain itu, meski banyak orang yang percaya bahwa Mata Hari berasal dari Indonesia, para ilmuwan sepakat bahwa ini tidak lebih dari mitos yang dibuatnya sendiri.

Terlepas dari hubungannya yang buruk dengan suaminya, dia berhasil meyakinkan Mata untuk kembali ke keluarga, tetapi perilaku agresifnya tidak berhenti di situ. Jadi dia mencoba mengalihkan perhatian dari masalah ini dengan belajar lebih banyak tentang budaya lokal. Pada tahun 1899, keluarganya mengalami peristiwa tragis - anak laki-laki mereka meninggal. Anak-anak jatuh sakit karena komplikasi dari perawatan untuk penyakit keluarga, tetapi Jeanne selamat. Diceritakan jika mereka telah diracuni oleh seorang pelayan, namun, sumber lain menyatakan bahwa itu adalah musuh keluarga.