Dalam perjalanan tersebut, dirinya merasa berputus asa dan juga berdosa karena sudah memilih untuk menyerah dan pergi meninggalkan kaumnya. Dirinya kemudian menumpang pada sebuah kapal yang akan menyeberangi laut.

Namun ketika kapal tersebut sedang berlayar, terjadilah badai hebat yang membuat kapal bergoncang hebat. Saat itu mereka berpikir untuk membuang salah satu penumpangnya, setelah dilakukan undian sebanyak 3 kali nama Nabi Yunus yang terus keluar.

Maka dijatuhkanlah Nabi Yunus ke dalam laut, kemudian Allah SWT mewahyukan kepada ikan Nun (paus) untuk menelan Nabi Yunus. Di dalam perut ikan tersebut, beliau terus menerus meminta ampun kepada Allah SWT dan bertasbih selama 40 hari. Kemudian Nabi Yunus ‘Alaihis salam berdoa kepada Allah Ta’ala saat berada di dalam perut ikan.

“Tiada Tuhan yang berhak disembah selain Engkau. Mahasuci Engkau. Sesungguhnya aku termasuk orang-orang yang zhalim.” (Qs. Al-Anbiya’ [21]: 87)

Setelah dipanjatkannya doa tersebut, sebagaimana diriwayatkan oleh sahabat Qatadah Radhiyallahu ‘anhu, Malaikat berkata, “Aku mengenali suara ini di langit dan di bumi.”

Dikarenakan mengenali suara tersebut, maka para malaikat langsung mengaminkan serta turut mendoakan Nabi Yunus AS agar beliau diselamatkan dan dikeluarkan dari perut ikan paus tersebut. Maka atas kuasa Allah, keluarlah Nabi Yunus dari perut ikan paus itu.