Piramida sudah lapuk karena tak terurus. Padahal, menurut penduduk setempat, dulunya bangunan itu sangat mewah. Rumput-rumput liar dan pohon-pohon sudah tumbuh subur di atasnya. Hal ini membuat bangunan tak tampak jelas. Bahkan, orang yang pertama kali berkunjung akan mengira tempat itu sebuah bukit besar.

Saat bangsa Spanyol datang ke sana, sekitar abad ke-14, banyak bangunan bersejarah di negara tersebut yang dirusak termasuk Piramida Agung Cholula. Karena bentuknya seperti bukit, akhirnya Spanyol mendirikan gereja di atasnya dengan nama Santuario de la Virgen de los Remedios.