Mubarak menjadi pahlawan nasional pada tahun berikutnya dengan laporan bahwa angkatan udara Mesir memberikan pukulan besar kepada pasukan Israel di Sinai selama Perang Yom Kippur. Mubarak adalah wakil presiden pada 14 Oktober 1981, ketika mentornya, Presiden Anwar Sadat, dibunuh oleh para pejuang ketika meninjau parade militer. Mubarak melarikan diri dengan cedera tangan ringan ketika orang-orang bersenjata menyemprotkan stan peninjauan dengan peluru. Delapan hari kemudian, mantan komandan angkatan udara berotot itu dilantik sebagai presiden, menjanjikan kesinambungan dan ketertiban.

Sikapnya yang keras pada keamanan memungkinkannya untuk mempertahankan perjanjian damai dengan Israel. Di bawah pemerintahannya, Mesir tetap menjadi sekutu utama AS di wilayah tersebut - menerima USD 1,3 miliar setahun dalam bantuan militer AS pada 2011.

Mubarak telah dijatuhi hukuman penjara seumur hidup pada tahun 2012 karena berkonspirasi untuk membunuh 239 demonstran selama pemberontakan 18 hari. Pengadilan banding memerintahkan pengadilan ulang dan kasus terhadap Mubarak dan pejabat seniornya dibatalkan. Dia akhirnya dibebaskan pada tahun 2017.

Namun dia dihukum pada 2015 bersama kedua putranya untuk mengalihkan dana publik dan menggunakan uang itu untuk meningkatkan properti keluarga. Mereka dijatuhi hukuman tiga tahun penjara.

Sejak penangkapannya pada April 2011, Mubarak menghabiskan hampir enam tahun di penjara di rumah sakit. Setelah dibebaskan, ia dibawa ke sebuah apartemen di distrik Heliopolis, Kairo. Banyak orang Mesir yang hidup pada masa Mubarak berkuasa melihatnya sebagai "periode otokrasi dan kapitalisme kroni". Penggulingannya menyebabkan pemilihan bebas pertama Mesir, yang membawa Presiden Mohamed Morsi.

Morsi hanya berlangsung satu tahun di kantor setelah protes massal pada 2013 menyebabkan penggulingannya oleh kepala pertahanan Jenderal Abdel Fattah el-Sisi, yang sekarang menjadi presiden.