Gara-garanya, Yudian merasa kesal kepada Nasir yang menyebut profesor tua manfaatnya kecil untuk negara. Berang atas pernyataan itu, Yudian pun menantang Nasir untuk menunjukkan siapa di antara mereka yang terbaik di bidang akademi.

Kontroversi kedua adalah saat Yudian sebagai Ketua Sidang ujian terbuka disertasi berjudul “Konsep Milk Al Yamin Muhammad Syahrur sebagai Keabsahan Hubungan Seksual Nonmarital” karya Abdul Aziz. Yudian bersama tim penguji meloloskan disertasi tersebut pada Rabu, 28 Agustus 2019.

Disertasi karya Abdul Aziz itu menuai kontroversi. Dewan Pimpinan MUI menilai disertasi tersebut bertentangan dengan Al-Qur’an dan As-Sunah, termasuk pemikiran menyimpang dan harus ditolak.

Kontroversi berikutnya adalah saat Yudian menjabat Rektor UIN Suka melarang mahasiswi menggunakan cadar selama aktivitas di kampus. Ia mengancam akan mengeluarkan mahasiswi yang nekat menggunakan cadar jika sudah tujuh kali diperingatkan dan dibina.

UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, kata Yudian adalah universitas negeri. Sebagai kampus negeri harus berdiri sesuai Islam yang moderat atau Islam nusantara. Yaitu Islam yang juga mengakui konsensus bersama yaitu yang mengakui Undang-undang Dasar 1945, Pancasila, Kebhinnekaan dan Negara Kesatuan Republik Indonesia.***